株式等振替制度（振替投資信託受益権）の主な仕組みをご紹介します。
なお、株式等振替制度で取り扱う振替投資信託受益権は、日本国内で設定され、かつ、金融商品取引所に上場する投資信託受益権（内国ETF）です。日本国内で設定され、かつ、金融商品取引所に上場しない投資信託受益権については投資信託振替制度、日本国外で設定され、かつ金融商品取引所に上場する投資信託受益権（外国ETF）については外国株券等保管振替決済制度において、一定の要件のもと取り扱っております。
株式等振替制度においては、投資信託受益権（振替法第2条第1項第8号に規定する投資信託の受益権をいいます。）のうち、その発行者から機構での取扱いに係る同意を得ているもので、次に掲げる要件のすべてに該当するものを取扱いの対象とします。
①金融商品取引所に上場している又は上場する予定があること。
②投資信託約款において、当該投資信託受益権の全部について振替法の規定の適用を受けることとする旨を定めたものであること。
③国内において、投資信託及び投資法人に関する法律（昭和26年法律第198号）に基づいて設定される投資信託受益権であること。
④最低発行単位の口数が1口であること。
振替投資信託受益権について新規設定及び追加設定が行われる場合には、新規記録の手続きが行われます。
以下は、現物設定・現物交換型ETFの新規記録の手続きの概要です。
①販売会社（発行者から設定及び交換に係る請求を行う者として指定を受けた第一種金融取引業者又は登録金融機関）である機構加入者は、信託財産である振替株式等を受託会社に振り替える。
②発行者は、販売会社である機構加入者の口座を記録先口座とする「新規記録情報通知」を機構に通知する。
③機構は、「新規記録情報通知」に基づき「発行口」に記録する。
④受託会社は、販売会社から信託財産として振り替えられた振替株式等を受領後、機構に対して「信託設定済通知」を通知する。
⑤機構は、「発行口」に記録された情報に基づき、機構加入者の口座の増加の記録を行う。
振替株式における取扱いに準じます（ただし、登録株式質権者に係る取扱いは除く。）。
振替投資信託受益権について交換（受益者の請求によりその振替投資信託受益権をその信託財産と交換することをいう。）を行う場合には、振替投資信託受益権の抹消手続き（交換時抹消）が行われます。
以下は、現物設定・現物交換型ETFの交換手続きの概要です。
①機構加入者は、交換時抹消により減少記録される振替投資信託受益権の情報として「交換時抹消予定情報通知」を機構に通知する。
②機構は、「交換時抹消予定情報通知」に基づき「抹消口」に記録する。
③受託会社は、「抹消口」への記録を確認の上、信託財産である振替株式等を機構加入者の口座に振り替える。
④機構加入者は、受託会社から信託財産として振り替えられた振替株式等を受領後、機構に対して「信託財産振替済通知」を通知する。
⑤機構は、「抹消口」に記録された情報に基づき、機構加入者の口座の減少の記録を行う。
また、振替投資信託受益権に係る投資信託契約の一部解約（交換を除く。）を行い金銭を受領する場合についても、交換に係る手続きに準じて行われます。
総受益者通知は、機構が、株式等業務規程（第283条）に基づき、同条に規定する受益者確定日における受益者を、当該振替投資信託受益権の受託会社（実務上は受益者名簿管理人）に通知するものです。
2008年1月4日までに設定された投資信託受益権であって、その設定後に振替法の規定の適用を受けることとする旨の投資信託約款の変更が行われたもの（特例投資信託受益権）のうち、機構が発行者の同意を得たものについては、受益者が口座管理機関を通じて機構に対し移行申請を行うことにより、株式等振替制度に移行することができます。
株式等振替制度に移行を希望する受益者は、口座管理機関に受益証券を提出し、機構に対する移行申請の取次ぎを請求します。取次ぎの請求を受けた口座管理機関は、受益証券と所定の書面を機構に提出します。機構は、振替受入簿への記録をした上で、発行者及び当該口座管理機関にその旨の通知を行います。機構及び当該口座管理機関は、振替口座簿に増加の記録を行います。
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